Vấn đề hiệu lực của thỏa thuận trọng tài thương mại khi đã được xác lập trên hợp đồng có liên quan chặt chẽ đến tính độc lập của thỏa thuận trọng tài thương mại.

Căn cứ Luật Trọng tài thương mại 2010 
Điều 19. Tính độc lập của thỏa thuận trọng tài
Thỏa thuận trọng tài hoàn toàn độc lập với hợp đồng. Việc thay đổi, gia hạn, hủy bỏ hợp đồng, hợp đồng vô hiệu hoặc không thể thực hiện được không làm mất hiệu lực của thỏa thuận trọng tài.

Ở đây chúng ta có thể thấy được thỏa thuận trọng tài có tính độc lập tuyệt đối. Tức rằng khi chúng ta thỏa thuận trọng tài, thì thỏa thuận này sẽ như một điều khoản lồng trong hợp đồng, cũng có thể là tách ra như một hợp đồng con. Cho dù tách ra hay chỉ là một điều khoản con trong hợp đồng chính thì nó vẫn mang tính độc lập.

Tuy nhiên, vẫn có sự ràng buộc nhất định với những quy định về hình thức tại Điều 16 và vô hiệu tại Điều 18 của Luật Trọng tài thương mại 2010.

Từ tính độc lập của thỏa thuận trọng tài như Điều 19 nêu trên, ta thấy được rằng, dù nội dung hợp đồng chính là hợp đồng có thay đổi, gia hạn, huỷ bỏ hợp đồng, vô hiệu hoặc không thực hiện được thì thoả thuận trọng tài vẫn không thể mất đi hiệu lực của nó.

Do vậy thỏa thuận trọng tài vẫn còn chi phối hoàn toàn hợp đồng thương mại mà nó được thoả thuận để giải quyết tranh chấp. Chắc hẳn điều này sẽ làm chúng ta có vẻ rất bất ngờ vì theo tư duy logic trước giờ là hợp đồng vô hiệu thì mọi cái thoả thuận theo nó đều vô hiệu. Tuy đúng là vậy nhưng chúng ta vẫn phải trừ cái thỏa thuận trọng tài này đi.

Lưu ý trong một số trường hợp, nguyên nhân làm nên sự vô hiệu của hợp đồng chính cũng sẽ là nguyên nhân làm cho thỏa thuận trọng tài cũng trở nên vô hiệu.

Ví dụ: Chủ thể ký kết hợp đồng không đủ năng lực hành vi dân sự để ký kết hợp đồng do vậy cũng không đủ năng lực hành vi ký kết điều khoản trọng tài.

Dù vậy, ở đây chỉ là sự trùng hợp về nguyên nhân làm cho hợp đồng chính vô hiệu và thỏa thuận trọng tài vô hiệu chứ không phải sự vô hiệu của hợp đồng kéo theo sự vô hiệu của thỏa thuận trọng tài.